Jasný, hlavní problém byla ta zelenina na trojce, kdybys to diagem zkouknul před čištěním, pravděpodobně bys měl výpadky zapalování i na trojce.
S tou analýzou výpadků ale opatrně, jak jsem psal, je to jen podle zrychlení kliky případně doplňkově složení emisí a reakce sondy. Každopádně výrobce sám nějaké výpadky, ať už skutečné, nebo jen chyby měření, předpokládá a proto ECU má limit, do kterého je ignoruje a chybu nezapíše. Na druhou stranu ale skutečné vypadky, které cítíš na volnoběhu, ukazují stav, který může přerůst do problému. Já to tehdy nevěděl, neřešil a cívka mě po umření proškolila i s následnou nutnou výměnou katu ...
Proto se nemusí ty výpadky na 1 a 4 projevovat synchronně.
Koncovky tedy byly OK, navíc máš nyní nový kabely, tak to byla zas jen info k celkovýmu obrázku o stavu motoru.
No rozvody bych určitě nenastavoval hokus pokus nějak podle tlaků, od toho jsou značky a jasně dané pozice. Navíc kolega porovnává různé variaty 1.6. ty tam nemáš EGR který umí divy s volnoběhem

Na forech se toho napíše ... Ale kdo ví, třeba taky jen tak třepu
Uvažuj věcně a postupně, máš diag, tak měř a zkus sehnat cívku na vyzkoušení. Zkus tu stávající opět změřit viz výše uvedený postup, měl by platit stejně protože ta samá cívka se používá i na těch starších 2.0 MPI. Má mít 4-6kom, Tys naměřil snad 45kohm ...